La guerre de l'Impérium
Il s'agit d'un mode de JCJ en guilde, c'est à dire que vous combattez contre d'autres guildes, celà s'apparente à une partie de 'capture de drapeau'.
Vous trouverez dans le royaume de Rune-Midgard un certain nombre de 'châteaux'; ils sont aux nombres de 20 répartis à nombre égal dans les 4 villes suivantes : Prontera, Aldebaran, Payon et Geffen, ce qui nous fait 5 châteaux par ville :
Pour posseder un château une guilde devra détruire un cristal nommé l'Impérium, situé à l'intérieur du château, défendu par la guilde adverse se faisant aider au moyen d'un gardien qu'elle aura créé au préalable.
Lorsque une guilde sera en possession du château sa banière de guilde apparaîtra au dessus !
C'est durant cette prise de fort que vous serez en mode siège (affichage du symbôle de guilde au dessus des personnages, non-affichage des dégats, ...)
Une fois le château acquis à une guilde, le maître de la guilde victorieuse aura accès à un tas d'options permettant de 'personnaliser' le château, permettant de faire prosperer les services qu'il peut offrir à savoir des coffres à items ! (25 coffres au maximun, dépend du dégré d'exploitation par la guilde des ressources offertes par le château).
Il existe encore de nombreux services comme la possibilité de passer par Kafra Corporation qui vous allouera un espace de stockage gratuit ou encore l'existance de 'la chambre du maître de guilde' qui lui permettra de créer un item rare de manière journalière.
Combats en mode yoyo
Il s'agit d'un combat classique entre deux joueurs, attention cependant, car votre affrontement se conduit dans des zones bien particulières prévues à cet effet.
Combats en mode nightmare
Le principe est le même que pour le mode précédent sauf qu'ici vous avez accès à 5 cartes de combats et qu'une défaite vous fait perdre de l'expérience et un item de votre inventaire.
Mode de classement et fonctionnement global du JCJ
Pour acceder aux zones JCJ vous devez allez monaiyer 500 zeny à un portier dans un bar ou un hôtel pour qu'il vous téléporte là-bas.
Vous avez la possibilité d'être défait une fois, à la seconde vous serez téléportez dans une ville.
En fonction de vos victoires ou défaites vous serez classé parmi les joueurs du jeu
Ce classement correspond à votre nombre de points, il est de 5 au départ, augmente de 1 en cas de victoire mais décroit de 5 en cas de défaite, un score négatif entraîne votre suspension à la participation de tout combat.